產品資料 - 用于二代測序的 NEBNext? 試劑 - 適用于 Illumina 測序平臺/免疫測序

NEBNext? 免疫測序試劑盒(小鼠)                              收藏

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NEBNext® 免疫測序試劑盒(人)

產品特點

 • 通過對受體序列的深入分析,揭示復雜的免疫系統

對 B 細胞受體(BCR)和 T 細胞受體(TCR)進行富集和測序
制備 B 細胞和 T 細胞的全長免疫基因組庫
使用唯一分子標簽序列(UMI)準確定量轉錄本
使用用于生物信息流程(教程)的開源軟件工具——pRESTO 分析數據
 

產品說明

概述:

免疫組庫測序常常用來分析當下的和過去的免疫應答反應。最常應用領域包括:自身免疫性疾病的表征、腫瘤學、傳染病中和抗體的發現、腫瘤浸潤淋巴細胞以及用作研究殘留病的工具。二代測序(NGS)平臺在讀長和通量方面的最新進展促進了免疫組庫測序的發展。

 

NEBNext® 免疫測序試劑盒(人)通過對 B 細胞和 T 細胞全長免疫組庫分析,能獲得體細胞的所有突變信息。該試劑盒提供引物模塊,可用于分析完整的 VDJ 區域和 IgMIgDIgGIgAIgE 亞類,并分析 BCR 輕鏈、BCR 重鏈、TCRα 鏈和 TCRβ 鏈。該試劑盒還提供分子標簽序列(UMI,將來源于同一個分子的 PCR 產物組成共有序列,以便提高測序準確性,消除 PCR 偏差。Galaxy 平臺提供一個開源軟件工具——pRESTO,用于在本地或云端開展超強生物信息分析。為了確保不熟悉 Galaxy 平臺的用戶能成功使用分析軟件,pRESTO 提供教學教程。

 

 抗體和 TCR 結構的簡化示意圖:

 

 

 

 免疫組建庫流程:

 

 

產品描述:

使用唯一分子標簽序列(UMI)實現克隆型的精準檢測。在有或沒有 UMI 情況下,比較小鼠 TCR 克隆型頻率。根據有 UMI 的測序結果,對前 100 個高表達克隆型進行排序。在有或沒有 UMI 情況下,重復建庫,克隆型頻率重疊繪制于圖中。每個條形或圓點代表一個克隆,該克隆經過總讀長分析或使用 UMI 過濾。使用 UMI 可對原始樣本中的起始 RNA 分子進行絕對定量。當將克隆按照富集度從高到底進行排序,沒有 UMI 的數據會導致 PCR 或測序擴增的偏差,從而誤導樣本中克隆型頻率的分析。UMI 的使用通過對起始樣本中 RNA 的絕對定量來校正偏差。使用 UMI 也可以在重復本之間實現更好的相關性,尤其是起始量較低時。各個文庫向下抽樣 500,000 reads


使用 NEBNext 免疫測序試劑盒(小鼠),能夠在同一管中制備小鼠 BCR TCR 文庫。分別使用 10 ng100 ng 1,000 ng 小鼠脾臟總 RNATakara Bio #636605)制備小鼠 BCR+TCR 文庫,每個起始量都做有平行實驗。所有文庫向下抽樣 1,000,000 reads。使用 pRESTO 工具完成 reads 過濾、序列組裝和基于 UMIs 組成共有序列。使用 MiGMAP 鑒別 VD J 區域。圖(A)表示每個小鼠脾臟總 RNA 起始樣本檢測到的克隆型數量。圖(B)表示各文庫中 B 細胞重鏈(IGH)和輕鏈(IGK IGL)以及 鏈(TRA)、β 鏈(TRB)、δ 鏈(TRD)和 γ 鏈(TRG)所占百分比。

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