產品資料 - 用于二代測序的 NEBNext? 試劑 - 適用于所有測序平臺/模塊和酶

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模塊                              收藏

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相關產品:

 NEBNext® ARTIC SARS-CoV-2 文庫制備試劑盒(適用于 Illumina 平臺)

產品特點:

使用更平衡的引物池,提高 SARS-CoV-2 基因組覆蓋深度的均一性
病毒基因組起始范圍廣:10–10,000 個拷貝
簡化、高效的操作流程
 

概述:

目前對 SARS-CoV-2 測序的可靠性和準確性的要求日益增長,為了滿足上述需求,NEB 推出 NEBNext® ARTIC 文庫制備試劑盒。這些試劑盒根據 ARTIC Network(1)原始流程開發,采用多重擴增子的方法對病毒進行全基因組測序。


ARTIC SARS-CoV-2 操作流程是一種可覆蓋整個病毒基因組的多重擴增子測序方法。基于此方法,NEB 開發了 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模塊,并優化和創新了相關試劑,用于 cDNA 合成和擴增。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模塊包含用于 SARS-CoV-2 gRNA 的 cDNA 合成及擴增試劑。已平衡的 NEBNext ARTIC 引物和優化的試劑可在較寬的拷貝數范圍內提高 gRNA 擴增子的均一性。

無論起始量多少(10 - 10,000 個病毒基因組拷貝)都可使用同一個 RT 方案,并且在靶向擴增前無需進行標準化。使用已平衡的多重引物,以提高整個病毒基因組的擴增子覆蓋度均一性。

完整試劑盒還包含針對 ARTIC 流程優化的文庫制備試劑,可用于 Illumina® 測序平臺較小的(~150 bp)(NEB #E7658)或較大的(~400 bp)(NEB #E7650)插入片段文庫制備,也可用于 Oxford Nanopore Technologies(NEB #E7660)測序平臺。
 
1.(Josh Quick 2020. nCoV-2019 sequencing protocol v2 (GunIt). protocols.io https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bdp7i5rn).
 

產品描述:

SARS-CoV-2 RT-PCR 擴增性能優越。起始樣本是 100 ng 人類通用參考 RNAThermoFisher QS0639)中的 10 - 10,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷貝(ATCC VR-1986 VR-1991)。使用 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池對起始樣本進行多重擴增子擴增。使用 Qubit™ dsDNA BR Assay KitThermoFisher Q32850)測定平均擴增子產量。

 

Illumina 平臺使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,可提高基因組覆蓋度。基因組數據可視化圖(IGV)顯示了 SARS-CoV-2 基因組的覆蓋度。起始樣本是 100 ng 人類通用參考 RNAThermoFisher QS0639)中的 1,000 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷貝(ATCC VR-1986 VR-1991)。分別使用兩種引物對起始樣本進行多重擴增子擴增:IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel“Standard”)和 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池。建庫試劑為 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 FS 文庫制備試劑盒(適用于 Illumina 平臺)。使用 MiSeq® 2 x 75 bp)測序。測定每個堿基的覆蓋深度,向下抽樣(seqtkReads 數,使用 Bowtie 2 比對至 SARS-CoV-2 參考基因組(NCBI, NC_045512)。

 

 

在 Oxford Nanopore Technologies 平臺使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 引物池,完全覆蓋基因組所需的 Reads 數更少。IGV 圖顯示了 SARS-CoV-2 基因組的覆蓋度。使用 IDT ARTIC nCoV-2019 V3 Panel(“Standard”)或 NEBNext 已平衡的 ARTIC SARS-CoV-2 引物池,100 ng 人類通用參考 RNA(ThermoFisher QS0639)中的 1000 份 SARS-CoV-2 病毒 gRNA 拷貝(ATCC VR-1986 和 VR-1991)作為起始樣本制備擴增子。使用 NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 配套試劑盒(Oxford Nanopore Technologies)、Oxford Nanopore Technologies Native Barcoding Expansion kits 1-12(EXP-NBD104)、1 3-24 (EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(EXP-NBD114)、Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK109)和 SFB Expansion Kit(EXP-SFB001)制備文庫。使用 R9.4.1 flow cells 在 GridION 儀器上進行測序,并使用 Minimap2 比對數據。

NEBNext ARTIC SARS-CoV-2 RT-PCR 模塊流程

 

 

 

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